Glavni likovi DreamWorksove kompjuterske animacije su četiri stanovnika newyorkškog zoološkog vrta – zebra Marty, nilski konj (iliti kobila) Gloria, lav Alex i žirafa Melman – koji svoje poznato okruženje odluče zamijeniti divljinom. Sve kreće od proslave 10. rođendana Martya Zebre – iako su mu frendovi pripredili sasvim solidnu zabavu, Marty žudi za otvorenim savanama Connecticuta te bježi iz Zoo-a.
Da bi ga spasili, frendovi kreću za njim, zbog čega uprava zoološkog pogrešno zaključuje da je grupica životinja očito vrlo nesretna u kavezima, pa ih odlučuje poslati u rezervat u Keniji. Igrom slučaja, ekipa završava na naslovnom otoku, Madagascaru, gdje se suočava s brdom razuzdanih lemura i s prilično ogoljenom idejom slobode o kojoj su sanjali još u Zoo-u.
